Большинство жителей Нидерландов, включая Брабант и Голландию, встали на сторону протестантов. В отличие от своих дедушки и бабушки, Карл был человеком не склонным к радикальным мерам. Помня о бегстве богатейших еврейских купцов из Испании и Португалии, а также о разорении Шампанских ярмарок Филиппом Красивым, император не ущемлял в правах своих североевропейских подданных, не настаивал на отказе от протестантизма, не поднимал налоги и позволял жителям прибрежных городов существовать в условиях фактического самоуправления, устанавливая уровень торговых сборов по своему разумению.
Мягкость была оправданной. Антверпен и Амстердам имели для Карла огромное экономическое значение, ведь именно они, а не испанские или португальские порты, стали основными морскими воротами его империи и главными поставщиками денег в казну. Однако сын Карла, император Филипп II, будучи фанатичным католиком, придерживался иных взглядов на отношения с вассальными территориями. Придя к власти в 1556 году, он решил покончить с нидерландской вольницей, ввел высокие налоги для всех североморских провинций и попытался установить в портовых городах централизованное управление. Жесткие меры привели к началу войны за независимость Нидерландов, которая продлилась с 1566-го по 1648 год.