Транспорты отправлялись из портов Севастополя, Феодосии, Николаева, Поти, Кронштадта, Лиепая, Балтийска и Мурманска. С целью дезинформировать противника, во все эти порты предварительно были доставлены лыжи, валенки, тулупы и дубленки для всего личного состава ГСВК. В тексте приказов для капитанов судов говорилось, что войска направляются для выполнения «специальных мероприятий», без указания сроков и конечных пунктов назначения. Никто из членов экипажа и военнослужащих, находившихся на борту, понятия не имел о том, что, вместо Заполярья, окажется в тропиках.
Капитаны судов, следовавших из черноморских портов, помимо приказов, получили по три запечатанных пакета. В первом пакете, который они обязаны были вскрыть после покидания территориальных вод СССР, содержался приказ вскрыть второй пакет после прохода проливов Босфор и Дарданеллы. Во втором пакете содержался приказ вскрыть третий пакет после прохода Гибралтара, а в третьем – приказ следовать на Кубу. Аналогичный набор пакетов для последовательного вскрытия получили капитаны судов, отправлявшихся из портов Балтийского и Баренцева морей.